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由于洁净空调诸多参数的不确定性，通过热力计算取得洁净厂房的单位面积冷（热）负荷相对较难，在实际运行中也并不准确，一般地，是根据经验数据，确定某一厂房的单位面积冷（热）负荷。其中考虑的因素主要包括：当地气象条件、换气次数、新风比、围护结构传热特性、工艺本身散热量、空间高度、保温材料等等。
合理选定室内温湿度及单位面积冷（热）负荷洁净室温湿度的确定应与生产工艺的要求相适应，在无特殊要求时，洁净室内的温湿度取值尽量取5规范6上限，同时要满足人体的舒适要求。
优先选用节能设备，积极采用节能措施随着洁净空调技术的不断发展，国内企业生产技术和产品质量的不断提高，各种节能设备、节能技术在洁净空调中得到了一定应用，如变频控制、各种自控阀门的应用等。
采用变频调速风机由于医药行业洁净室的特殊性，系统运行初期和末期的阻力等相差是比较大的，如采用定频风机，初期阻力较小，风机的送风量偏大，通过调节风阀控制风量必然造成能源浪费；末期，阻力加大，风机的送风量锐减，可能又达不到净化要求。采用变频调速风机的主要目的是保持系统的风量恒定，从而使洁净室压力稳定，避免影响净化效果，并达到节能的目的。
应当提出，由于一般的舒适性空调只对室内温湿度等参数有控制要求而不要求洁净度，其采用变频调速风机的目的是在变风量状态下运行从而节能；这与洁净空调的风量恒定是显然不同的。
采用电动水阀或电动蒸汽阀（变水量控制）变水量控制的原理，是以回风温度传感器检测到的温度与单元控制器的设定温度进行比较计算，根据计算结果输出相应的电压控制信号，从而控制电动水阀或电动蒸汽阀的开度，改变换热器的水或蒸汽流量。这样，当室外新风的参数变化时，可以对换热器的过水、汽量进行适当的调整，在保证室内参数稳定的前提下节能。
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