洁净室车间设计考虑降低能耗与成本问题，iso6级(相当于美国标准fs2091000级)洁净室单位面积建造成本约为3000元/平方米～4000元/平方米，而iso4级(相当于美国标准fs20910级)洁净室单位面积建造成本则高达1万元/平方米。由于洁净室建设费用很高且不同的建设费用相差较大，因此，在
设计规范》主要起草人之一秦学礼在接受《中国电子报》记者采访时表示，iso6级(相当于美国标准fs2091000级)洁净室单位面积建造成本约为3000元/平方米～4000元/平方米，而iso4级(相当于美国标准fs20910级)洁净室单位面积建造成本则高达1万元/平方米。
由于洁净室建设费用很高且不同洁净等级的建设费用相差较大，因此，在洁净室设计过程中，设计师不仅需要合理布置工艺设备以尽量减少洁净区的面积，而且也要针对不同的生产环节设置不同的洁净等级。目前，12英寸集成电路芯片制造工厂普遍采用“开放式洁净室加微环境”的方式，将芯片制造过程中对空气洁净度要求十分严格的硅片加工过程布置在1级-4级的微环境装置内，而开放式洁净室的洁净度等级只需5级-6级，这样就有效地降低了建设/运营投资以及能耗。
在我国，洁净厂房的能源消耗是相当大的。能源消耗主要用于生产设备用电和用热、净化空调系统的耗电/耗热和冷负荷、冷冻机组的耗电、排气装置的耗电和耗热、超纯水和气体的制取和输送以及公用设施和照明的用电等。为达到洁净室要求的空气洁净度等级，洁净室的循环风量很大。一般空调房间的每小时换气次数只需要几次，而洁净室每小时换气次数达到10次～600次。由于技术的原因，我国的洁净室在能耗方面又高于欧美发达国家